任何手术都可能受到某些因素的影响而产生各种各样的并发症，尽管并发症发生的概率很小，但如果出现后要积极配合医生的治疗。癫痫手术中可能出现的并发症主要包括：
伤口感染：是常见的手术并发症，由于个体差异，患者的抵抗力不一样，手术伤口感染的风险也不一样。
麻醉的危险性：对麻醉药物过敏、休克、急性心肌梗死或心律不齐、心脏衰竭、肺水肿、急性脑中风等。
术中术后出血：可能会并发硬膜外、硬膜下及脑出血。另外即使术中止血非常仔细彻底，原致癫痫区切除处仍可能并发术后出血。
脑水肿：脑组织由于术中长时间牵引或局部血流受到影响，有时术中或术后会有脑水肿现象，这种情况在以肿瘤为致癫痫原因的患者当中尤为明显。若是有脑水肿现象，可给予降脑压药物控制，严重时甚至需行紧急减压手术。然而一般如颞叶切除术，术前即会投予预防脑水肿药物，术后因脑部切除后遗留空间很大，不需要再次给予降脑压药物。
神经精神方面的并发症：包括脑神经麻痹、视野缺损、失语、遗忘、原有损害症状的复现、精神疾病等。
植物人或死亡：上述并发症若无法有效控制并恶化，有可能会进展为植物人状态或死亡。
